今後もまたありそうな怖いトラブル。
結局、アップデートしたapacheにはそれに合った環境ファイル（confファイル等？）で動かさなければいけないということなんですね。
一方のwebアプリケーションも様々な設定をして動かしているので、特にapacheをアップデートした時は、アプリケーションを含めた全体の設定を構築し直さなければいけないということなんでしょうか？（え、毎回ですか？　大変ですよ！ ・・・）
前回は、apacheアップデート後にapacheのphpモードを有効にする操作が必要でした。
今回も、分からないことが沢山ありましたが、１つ大きなミスをしたまま作業をしていました。
それは、webブラウザを起動したままwebサーバーの動作確認を続けていたことです。
このミスに気がつくまで20時間以上は無駄にしてしまいました・・・。
webブラウザは、起動したまま再度同じURLにアクセスすると、キャッシュを読みに行くんですね・・・
ですから、サーバー側の設定を変更した後に、外部から再度webアクセスして確認する為には、ブラウザを再起動しておかないとダメなんですね。
これに気付いたのは偶然でした。
作業中ずっとIEで確認していたんですが、ふとGoogleChromeでアクセスしてみると、結果が違う！　直っていないと思っていた箇所が直っていた・・・！

今回は、update後にまずapacheが動かなくなりました。

①色々と試しましたが、動きません。そこでapacheをアンインストールしようと長時間格闘。
rootでapt-get remove と、sudo apt-get remove は違うんですね。これも知りませんでした。
ソースからインストールにも挑戦しましたが、今の自分には敷居が高すぎました。で、頓挫。

②以前経験のあるlighttpdをインストールして何とか動くようにはなりました。
ヴァーチャルホストも何とかなったんですが、SSLのヴァーチャルホストがどうしても分からず、ここで頓挫しました。
参考になりそうな日本語サイトも少なかったです。

③気を取り直して、今まではapacheで動いていたんだからと、もう一度apacheに戻ることにしました。
今までの設定ファイルも参考に出来ると思ったんです。
ところが、apacheのファイルが完全に削除できていなかったので、アンインストールも再インストールも出来ず、先に進めません。
すべて消すには、apt-get --purge remove だけでなく、autoremove でやっとうまくいきました。
やっとapache再インストールまでこぎつけました。

④apache再インストール後に、他のサイトを参考にしながらphp、cgiが動くようにconfファイルを再設定。
netcommons、owncloudを複数のサイト分、それぞれのディレクトリに置いて、nameヴァーチャルホストの設定を確認してapache再起動。
httpのサイトは複数何とか見れるようになりました！　ここまで丸１日以上かかりました。

⑤https（SSL通信）のバーチャルホストがどうしてもうまくいきません。
設定ファイルの書き方も正しくなかったんですが、どうもサーバー証明書が違う！というエラーのようです。
ホスト名を変更したり、ドメイン名も変更したりしていたので、サーバー証明書（自己証明書）を作り直す事にしました。
証明書を作り直して、とりあえずホスト１、ホスト２、ともに同じ証明書にしてapache再起動したところ、ついにapacheがエラーなしで起動しました！！　
やっとここまでこれました・・・　長かった・・・
これで５つのサイトがすべて元通り見れるようになりました！

⑥後日、ホスト２のための証明書を作ってみましたが、これはapacheエラーが出てうまく行っていません。
ですから、ホスト２へのアクセス時にはいまだに警告が出ます。でも警告が出るだけでしっかりSSL通信出来ているので、とりあえずこれでOKとしておきます。

今回の作業時間は、３０時間以上かかりました！
本当に、本当に、まいりました！！
ちゃんちゃん！（笑・・・）