現在、このwebサーバー機のOSはDebian7で安定して動作しています。
アップデートはちょくちょく出ていますが、apache、owncloud関係も何回か出ました。
owncloudのアップデートがapacheのそれより先に出て、apacheとphpの依存関係にも問題を起こさずupdate出来る、と思っていたのですが、
考えが甘かったようです・・・
apacheやphpのアップデートより先にowncloudアップデートは出ませんでした。
そしてapacheやphpのアップデートを当てた直後は、今までと同様にwebページが閲覧不能になってしまいました！
原因はapache上でphpファイルが実行できない状況になるからだと思います。
apacheは動いていて、index.htmlのようなファイルは閲覧させられるんです。
そこまでは分かったので、アップデート後なぜか無効になっていたmod-phpを再度有効に戻してみると、今度はapacheがエラーを出してapache自身起動しなくなってしまいました。
そこで、自己流でやってみたのがphp5の再インストールでした。
php5 php5-cgi libapache2-mod-php5 php5-common php-pearをapt-getで再インストールしてみました。
その後mod-phpを有効にしましたが、今度はapacheはエラーを出さずphpファイルを表示できるようになりました！
アップデートによって、apache上でのphpの動かし方が変わったのでしょうから、正しい対処の仕方ではないような気もします。
分からないからapacheやphpのアップデートはしないというのも、セキュリティ上やはり良くないと思われます。
しばらく、apache、php関係のアップデートに関しては、こんな感じで対応していこうかなと思っています。